C肝治療前，必須確認病患C肝病毒的基因型及病毒濃度(HCV RNA)，以決定治療時間及預知可能療效。而病毒基因型及療程中的病毒反應，可做為個人化治療之依據，在不影響治療效果的情況下縮短療程，可減少副作用、降低藥費支出。
C型肝炎基因型第一型的標準療程，為48週的長效型干擾素合併雷巴威林治療。療程中第4週若病毒量即偵測不到，則治療反應較佳，可將療程縮短為24週。但療程中第12週若病毒量沒有下降100倍以上，則表示治療的成功率很低，為避免無謂的副作用，應考慮停藥。療程結束後第24週須再檢測病毒量，若病毒量偵測不到，代表治療成功，將來疾病的復發率極低。
一般而言，目前C型肝炎第一型的抗病毒治療成功率約在五成至六成左右。雖然目前對第一型C肝治療的效果仍不理想，但美國藥檢局已於2011年批准兩種治療C型肝炎之強效新藥：Telaprevir與Boceprevir。一旦合併新藥共同使用，第一型C肝治療成功率可提昇至75%，而且部份患者之療程可縮減至一半，可以說是C肝患者的一大福音。
C型肝炎基因型第二、三型目前的標準療程為24週的治療長效型干擾素與雷巴威林合併治療。若治療第四週時病毒已消失，也可考慮將療程縮短為12至14週。基因型第二、三型的病人對於抗病毒治療具有相當好的療效，其治療成功率可高達九成。
目前已知的C肝病毒基因型有6種，台灣以第1與第2型病毒為多。C肝病毒基因型攸關治療成效，第1型及第4型病毒通常較難治，第2型與第3型則相對好治
後來，科學家又從C肝病毒之病毒核酸的差異，將病毒區分為6種基因型，分別是1到6型，其中又以第1與第2型的分佈最為廣泛，全球各地都有其蹤跡，第3型主要分佈在東南亞地區、第4型集中在中東與北非地區、第5型在南非、第6型則以香港與越南較多。第1型又可分為1a、1b兩種亞型，但兩者差別不大，較少被分開討論
第2、3型治療效果較佳
基因型攸關C肝治療的時程以及成效，理論上治療前應該一律進行檢測，但在台灣此項檢驗目前尚未納入健保給付。目前已知6種基因型病毒中，以第1型和第4型病毒最為難治，第2型與第3型相對好治
和全球多數地區一樣，台灣的C肝病毒以第1與第2型病毒最多。過去研究顯示，北部C肝感染者中，感染第1型者佔7成、第2型佔2成；南部病患則是第1型與第2型各佔5成
第1型複製力強 治療需時較久
第1型病毒是比較強勢的病毒，其病毒複製能力，是第2型的100倍，因此，如果病患同時感染兩種基因型，最終還是會變成以第1型的感染為主。在台灣、日本與義大利的研究均顯示，在不治療的情況下，第1型病毒引發肝硬化、肝癌的危險性比第2型高，但美國的研究卻認為沒有差異，是否受到人種等因素的影響，還有待釐清。
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